生体構造化学研究室

▶ 2023年 - 研究成果 Activities

発表論文 Publications

  1. Songshi Li, Daisuke Kawashima, Kennedy Omondi Okeyo, Takeshi Murata and Masahiro Takei
    "Assessment of anisotropic transmembrane transport coefficient vector of cell-spheroid under inhomogeneous ion concentration distribution fields by electrical impedance tomography"
    Meas. Sci. Technol, 34, 035701(2023).
  2. Takeshi Murata
    "Introduction of Session 7, “Functional diversity and evolution in microbial rhodopsins”"
    Biophysics and Physicobiology, 20, e201012 (2023).
  3. Takeshi Murata
    "Introduction of Session 8, “Structural mechanism of animal rhodopsins and GPCR”"
    Biophysics and Physicobiology, 20, e201015 (2023).
  4. Kazuhiro Kobayashi, Kouki Kawakami, Tsukasa Kusakizako, Atsuhiro Tomita, Michihiro Nishimura, Kazuhiro Sawada, Hiroyuki H. Okamoto, Suzune Hiratsuka, Gaku Nakamura, Riku Kuwabara, Hiroshi Noda, Hiroyasu Muramatsu, Masaru Shimizu, Tomohiko Taguchi, *Asuka Inoue, *Takeshi Murata, *Osamu Nureki
    "Class-B1 GPCR activation by an intracellular agonist"
    Nature, 618, 1085-1093 (2023).
  5. Rika Suzuki, Toshio Nagashima, Keiichi Kojima, Reika Hironishi, Masafumi Hirohata, Tetsuya Ueta, Takeshi Murata, Toshio Yamazaki, Yuki Sudo, *Hideo Takahashi
    "NMR detection of hydrogen bond network in a proton pump rhodopsin RxR and its alteration during the cyclic photoreaction"
    J. Am. Chem. Soc., 145, 15295-15302 (2023).
  6. Raymond N. Burton-Smith, Chihong Song, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino, *Kazuyoshi Murata
    "Six states of Enterococcus hirae V-type ATPase reveals non-uniform rotor rotation during turnover"
    Commun. Biol. 6, 755 (2023).
  7. Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, *Takeshi Murata and *Masahiro Kinoshita
    "Physical pictures of rotation mechanisms of F1- and V1-ATPases: Leading roles of translational, configurational entropy of water"
    Front. Mol. Biosci. 10, 1159603 (2023).
  8. Fuhito Nakagawa, Marin Kikkawa, Sisi Chen, Yasuomi Miyashita, Norie Hamaguchi‑Suzuki, Minami Shibuya, Soichi Yamashita, Lisa Nagase, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Toshiya Senda, Keisuke Ito, *Takeshi Murata and *Satoshi Ogasawara
    "Anti‑nanodisc antibodies specifically capture nanodiscs and facilitate molecular interaction kinetics studies for membrane protein"
    Sci. Rep. 13, 11627 (2023).

総説、紹介記事 Reviews

  1. 伊藤 光二, 原口 武士, 玉那覇 正典, 鈴木 花野, 村田 武士
    "生物界最速のミオシンの構造－機能相関"
    生物物理, 63, No.2, 91-96 (2023).
  2. 安田 賢司
    "統計熱力学計算と進化分子工学を用いたGPCR安定化変異体の創出手法"
    生物物理, 63, No.2, 252-256 (2023).
  3. 浅井樹、村田武士
    "副作用原因タンパク質hERGチャネルーアステミゾール複合体の構造解析"
    クライオ電顕顕微鏡ハンドブック, NTS, 197–204 (2023).
  4. 村田武士
    "今がチャンス！"
    　生物物理　巻頭言, 63, No.5, 1 (2023).

学会等における発表 Presentations

  1. Ichie Ojiro, Satoshi Ogasawara, Takeshi Murata, Yuko Terada, Keisuke Ito
    "Increasing transcription efficiency enhances functional expression of human olfactory receptors"
    Association for Chemoreception Sciences (ポスター発表)、Hyatt Regency Coconut Point、2023年4月19日-22日
  2. Takeshi Haraguchi, Masanori Tamanaha, Kano Suzuki, Kohei Yoshimura, Takuma Imi, Takamitsu Morikawa, Nao Shoji, Atsushi Kimura, Motoki Tominaga, Hidetoshi Sakayama, Tomoaki Nishiyama, Mitsuhiro Iwaki, Takeshi Murata, Kohji Ito
    "Structure and regulation of Arabidopsis Myosin XI, MYA2"
    ICAR2023 Organizing Committee The 33rd International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2023) (ポスター発表)、幕張メッセ、2023年6月17日
  3. 安田 賢司、秋山 友希、木下 正弘、村田 武士
    "アミノ酸変異による最も耐熱性の高い外向きプロトンポンプ型ロドプシンの構築"
    量子生命科学会 第5回大会 (ポスター発表)、大阪大学豊中キャンパス、2023年5月18日
  4. 濱口紀江、安達成彦、野中雄仁、喜多俊介、今野翔、金岡優依、守屋俊夫、川崎政人、安田賢司、安西尚彦、林良雄、前仲勝実、千田俊哉、小笠原諭、内橋貴之、村田武士 、
    "クライオ電子顕微鏡構造解析と高速AFM観察から見えてきたABCトランスポーター（P-gp）の構造ダイナミクス"
    第23回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、名古屋国際会議場、2023年7月7日
  5. 濱口紀江、安達成彦、守屋俊夫、川崎政人、安田賢司、安西尚彦、千田俊哉、小笠原諭、村田武士
    "Structural analysis of the multidrug efflux transporter P-glycoprotein bound by an inhibitor"
    Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress(第10回アジア・オセアニア生理学会連合大会) (ポスター発表)、Daegu Exhibition & Convention Center、2023年11月3日
  6. Yuto Nonaka, Norie Hamaguchi, Fumi Nakagawa, Takeshi Murata, Takayuki Uchihashi
    "高速 AFM による多剤排出トランスポーター P-gp の機能ダイナミクス解析"
    第61回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、名古屋国際会議場、2023年11月14日、1Pos056 
  7. Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Takeshi Murata and Masahiro Kinoshita
    "Physical pictures of rotation mechanisms of F1- and V1-ATPases: Leading roles of translational, configurational entropy of water "
    第61回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、名古屋国際会議場、2023年11月15日、2Pos079 
  8. Hiroshi Ueno, Riku Marui, Naruhiko Adachi, Norie Hamaguchi, Toshio Moriya, Masato Kawasaki, Akihito Ikeda, Satomi Inaba, Satoshi Yasuda, Toshiya Senda, Takeshi Murata, Hiroyuki Noji
    "Creation of ATP synthase with multiple torque generating units "
    第61回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、名古屋国際会議場、2023年11月16日、3Pos082
  9. Kazuhiro Kobayashi, Kouki Kawakami, Tsukasa Kusakizako, Atsuhiro Tomita, Michihiro Nishimura, Kazuhiro Sawada, Hiroyuki Okamoto, Suzune Hiratsuka, Gaku Nakamura, Riku Kuwabara, Hiroshi Noda, Hiroyasu Muramatsu, Masaru Shimizu, Tomohiko Taguchi, Asuka Inoue, Takeshi Murata, Osamu Nureki
    "新規細胞内ポケットを介した class B1 GPCR の活性化機構の解明 "
    第61回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、名古屋国際会議場、2023年11月16日、3Pos008
  10. 濱口紀江、安西尚彦、小笠原諭、村田武士
    "動物細胞を用いたヒト組み換えタンパク質の大量発現・精製系の構築とその応用例"
    日本動物実験代替法学会第36回大会 (ポスター発表)、千葉大学西千葉キャンパス、2023年11月28日
  11. 平田 桃夕、小笠原 諭、廣瀬 未果、加藤 貴之、 村田 武士、禾 晃和、安西尚彦、
    "脂質二重層環境での構造解析に向けたRsePのナノディスクへの再構成"
    2023年度日本結晶学会年会 (ポスター発表)、宇部市文化会館、2023年10月28日
  12. 寺内 美裕、佐藤 遼太朗、薬丸 晴子、小笠原 諭、村田 武士、沼子 千弥、武田　志乃
    "マンガンを添加したハイドロキシアパタイトのX線分析"
    第59回X線分析討論会　(ポスター発表)、東京都市大学、2023年10月22日

招待講演 Invited lectures

  1. 村田 武士
    "発動分子を合理設計・理論計算するための構造基盤"
    日本化学会第103春季年会ワークショップ、野田、2023年3月22日
  2. Takeshi Murata
    "iscovery of a novel inhibitor for Na+-transporting V-ATPase enables suppression of VRE colonization in mice and reveals high-resolution structure of the Na+ transport pathway"
    Gordon Research Conference on Bioenergetics、Andover（アメリカ）、2023年6月29日
  3. Takeshi Murata
    "Sample preparation of membrane proteins using anti-His tag antibody"
    26th Congress and general assembly of the International Union of Crystallography (IUCr2023) 、Melbourne（オーストラリア）、2023年8月27日
  4. 村田 武士
    "回転型生体発動分子のイオン輸送メカニズムの解明"
    第4回発動分子科学研究会 発動・機働変形ジョイント会議、秋田、2023年9月21日
  5. Takeshi Murata
    "Na+-Transporting V-ATPase Inhibitor Suppresses VRE Growth in Mice and Unveils Na+ Pathway Structure"
    21th IPR Retreat（2023蛋白研リトリート） 、大阪、2023年11月21日

特許 Patents


プレスリリース Press releases

  1. "不眠症治療薬が結合したオレキシン受容体の構造を決定―立体構造から合理的新規治療薬開発へ向けて―"
    令和５年１月４日
  2. "細胞膜を横断するイオン濃度の非侵襲的イメージング法の開発―創薬プロセスの加速化に期待―"
    令和５年２月２１日
  3. "GPCR作動薬による新規の受容体活性化機構を解明――細胞内領域を標的とした副作用のない薬剤開発に貢献――"
    令和５年６月８日
  4. "回転式ナトリウムイオンポンプの６つの中間構造すべてを立体構築することに成功"
    令和５年７月２６日
  5. "光駆動プロトンポンプにおける重要な水素結合ネットワークを解明"
    令和５年８月１６日

メディア掲載 Media Appearances


受賞 Awards

  1. 濱口 紀江、村田武士
    "多剤排出トランスポーターP 糖蛋白質 (P-gp)に対する第三世代阻害剤の阻害機序解明を目的とした立体 構造解析"
    第 4 回 MCRC 定例会 学生ポスター発表会 最優秀発表賞、千葉大学西千葉キャンパス、2023年7月27日
  2. 濱口紀江、安西尚彦、小笠原諭、村田武士
    "動物細胞を用いたヒト組み換えタンパク質の大量発現・精製系の構築とその応用例"
    日本動物実験代替法学会第36回大会 大会長特別賞 (ポスター発表)、千葉大学西千葉キャンパス、2023年11月28日
  3. 濱口 紀江、安達成彦、川崎政人、守屋俊夫、安田賢司、安⻄尚彦、 小笠原諭、千田俊哉、村田武士
    "ATP駆動型トランスポーターP糖タンパク質の基質結合様式解明を目指したクライオ電子顕微鏡構造解析"
    生体エネルギー研究会第49回討論会 若手発表賞(ポスター発表)、山口大学吉田キャンパス、2023年12月15日