生体構造化学研究室

▶ 2022年 - 研究成果

発表論文

  1. *Arif Md. Rashedul Kabir, Tasrina Munmun, Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Atsushi P. Kimura, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata, Kazuki Sada, and *Akira Kakugo
    "Controlling the Rigidity of Kinesin-Propelled Microtubules in an In Vitro Gliding Assay Using the Deep-Sea Osmolyte Trimethylamine N-Oxide"
    ACS Omega, 7, 3796-3803 (2022).
  2. Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Keiichi Kojima, Tetsuya Ueta, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Naoki Kunishima, Yuki Sudo, *Masahiro Kinoshita, and *Takeshi Murata
    "Development of an Outward Proton Pumping Rhodopsin with a New Record in Thermostability by Means of Amino Acid Mutations"
    J. Phys. Chem. B, 126, 1004-1015(2022).
  3. Takeshi Haraguchi, Masanori Tamanaha, Kano Suzuki, Kohei Yoshimura, Takuma Imi, Motoki Tominaga, Hidetoshi Sakayama, Tomoaki Nishiyama, *Takeshi Murata, and *Kohji Ito
    "Discovery of ultrafast myosin, its amino acid sequence, and structural features"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 119, e2120962119(2022).
  4. Kano Suzuki, Mara del Carmen Marin, Masae Konno, Reza Bagherzadeh, *Takeshi Murata, and *Keiichi Inoue
    "Structural characterization of proton-pumping rhodopsin lacking a cytoplasmic proton donor residue by X-ray crystallography"
    J. Biol. Chem., 298, 101722(2022).
  5. Akari Miyamoto, Takashi Yamanaka, Satomi Suzuki, Kota Kunii, Kenichiro Kurono, Akira Yoshimi, Masafumi Hidaka, Satoshi Ogasawara, *Kei Nanatani, *Keietsu Abe
    "Oligomeric state of the aspartate:alanine transporter (AspT) from Tetragenococcus halophilus"
    J Biochem., mvac057(2022).
  6. *Yu Sakurai, Nodoka Abe, Keito Yoshikawa, Ryotaro Oyama, Satoshi Ogasawara, Takeshi Murata, Yuta Nakai, Kota Tange, Hiroki Tanaka, *Hidetaka Akita
    "Targeted delivery of lipid nanoparticle to lymphatic endothelial cells via anti-podoplanin antibody"
    J Control Release., 349, 379-387(2022).
  7. Mrinal Shekhar, Chitrak Gupta, Kano Suzuki, Chun Kit Chan, *Takeshi Murata, *Abhishek Singharoy
    "Revealing a Hidden Intermediate of Rotatory Catalysis with X-ray Crystallography and Molecular Simulations"
    ACS Cent. Sci., 8, 915-925(2022).
  8. Kanna Sugaya, Satoshi Yasuda, Shingo Sato, Chen Sisi, Taisei Yamamoto, Daisuke Umeno, Tomoaki Matsuura, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, *Masahiro Kinoshita, *Takeshi Murata
    "A methodology for creating thermostabilized mutants of G-protein coupled receptors by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering"
    Prot. Sci., 31, e4404(2022).
  9. Taisei Yamamoto, Satoshi Yasuda, Rinshi S. Kasai, Ryosuke Nakano, Simon Hikiri, Kanna Sugaya, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, Mitsunori Shiroishi, Takahiro K. Fujiwara, *Masahiro Kinoshita, *Takeshi Murata
    "A methodology for creating mutants of G-protein coupled receptors stabilized in active state by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering"
    Prot. Sci., 31, e4425(2022).
  10. Yuya Nishida, Sachiko Yanagisawa, Rikuri Morita, Hideki Shigematsu, Kyoko Shinzawa-Itoh, Hitomi Yuki, Satoshi Ogasawara, Ken Shimuta, Takashi Iwamoto, Chisa Nakabayashi, Waka Matsumura, Hisakazu Kato, Chai Gopalasingam, Takemasa Nagao, Tasneem Qaqorh, Yusuke Takahashi, Satoru Yamazaki, Katsumasa Kamiya, Ryuhei Harada, Nobuhiro Mizuno, Hideyuki Takahashi, Yukihiro Akeda, Makoto Ohnishi, Yoshikazu Ishii, Takashi Kumasaka, Takeshi Murata, Kazumasa Muramoto, Takehiko Tosha, Yoshitsugu Shiro, Teruki Honma, Yasuteru Shigeta, Minoru Kubo, Seiji Takashima, and *Yasunori Shintani
    "Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases"
    Nat. Commun., 13, 7591(2022).
  11. Hidetsugu Asada, Dohyun Im, Yunhon Hotta, Satoshi Yasuda, Takeshi Murata, Ryoji Suno, So Iwata
    "Molecular basis for anti-insomnia drug design from structure of lemborexant-bound orexin 2 receptorg"
    Structure, 30, 1582-1589.e4(2022).
  12. Akihiro Otomo, Tatsuya Iida, Yasuko Okuni, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, and *Ryota Iino
    "Direct observation of stepping rotation of V-ATPase reveals rigid component in coupling between Vo an V1 motors"
    Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 119, e2210204119(2022).

総説、紹介記事

  1. 浅井樹、村田 武士
    "電位依存性カリウムチャネルhERGと阻害剤Astemizole複合体のクライオ電子顕微鏡解析"
    PF News, 40, 19–23 (2022).
  2. 安田賢司、木下正弘、村田武士
    "最も安定な水素イオン排出ポンプの創出"
    クリーンエネルギー, 日本工業出版, 31, No.7, 28–35 (2022).
  3. 鈴木花野、小笠原諭、村田武士
    "糖ペプチドが結合した抗体のX線結晶構造解析"
    hoton Factory Activity Report2021, KEK, #39 (2022).
  4. 安田賢司、村田武士、木下正弘
    "膜タンパク質ロドプシンの熱安定性を向上させた変異体の創出"
    バイオサイエンスとインダストリー Vol.80, No.6 (2022).

学会等における発表

  1. 阿部 晶平、清水 康輝、金沢 達志、宮城 侑弥、清木 一生、森山 克彦、宮田 茂、村田 武士
    "腸球菌V-ATPase阻害剤はウェルシュ菌の増殖を阻害する"
    第95回日本細菌学会 (口頭発表)、オンライン開催、2022年3月29日-31日
  2. 濱口 紀江
    "新型コロナウイルス 3CL プロテアーゼ阻害剤が結合した P 糖タンパク質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析"
    第2回蛋白質科学会　若手の会研究交流会 (ポスター発表)、つくば国際会議場、2022年6月6日
  3. 山本 大生
    "A screening method for stabilized active GPCR mutants by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering"
    第2回蛋白質科学会　若手の会研究交流会 (ポスター発表)、つくば国際会議場、2022年6月6日
  4. 小笠原 諭、陳 思思、中川 史、渋谷 南美、濱口 紀江、佐久間 一輝、宮下 靖臣、安田 賢司、村田 武士
    "抗体を用いた膜タンパク質の精製・機能解析システムの構築"
    第22回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
  5. 安田 賢司、菅谷 幹奈、佐藤 愼吾、藤木 祐美、陳 思思、林 智彦、小笠原 諭、木下 正弘、村田 武士
    "統計熱力学計算と進化分子工学を融合した GPCR 耐熱化置換体の構築手法の開発"
    第22回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
  6. 濱口 紀江、安達 成彦、今野 翔、川崎 政人、守屋 俊夫、安田 賢司、小笠原 諭、林 良雄、千田 俊哉、村田 武士
    "新型コロナウイルス 3CL プロテアーゼ阻害剤が結合した P 糖タンパク質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析"
    第22回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
  7. 山本 大生、笠井 倫志、肥喜里 志門、藤原 敬宏、中野 僚介、菅谷 幹奈、安田 賢司、小笠原 諭、白石 充典、木下 正弘、
    村田 武士
    "理論計算と進化分子工学の融合によるリガンド結合非依存的に活性型へシフトする GPCR 変異体 のスクリーニング"
    第22回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
  8. 長瀬 里沙、中川 史、小笠原 諭、村田 武士、千田 俊哉
    "細胞内GTPセンサータンパク質P15P4Kβ-膜複合体の立体構造解析に向けた結合親和性解析"
    第22回日本蛋白質科学会年会 (口頭発表)、つくば国際会議場、2022年6月7日-9日
  9. 川嶋 大介、李 淞什、吉田 倭、小笠原 諭、村田 武士、武居 昌宏
    "PCB-EIT センサを利用したイオンチャネル活性評価手法の開発"
    日本機械学会 第34回バイオエンジニアリング講演会(ポスター発表)、福岡国際会議場、2022年6月25日-26日
  10. 濱口 紀江、安達 成彦、今野 翔、川崎 政人、守屋 俊夫、安田 賢司、小笠原 諭、林 良雄、千田 俊哉、村田 武士
    "新型コロナウイルス治療薬候補化合物が結合した多剤排出トランスポーターP糖タンパク質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析"
    第６回黒潮カンファレンス (口頭発表)、香川、2022年7月3日
  11. 阿部 晶平、清水 康輝、金沢 達志、宮城 侑弥、清木 一生、森山 克彦、宮田 茂、村田 武士
    "腸球菌V-ATPase阻害剤はウェルシュ菌の増殖をpH依存的に阻害する"
    第26回腸内細菌学会学術集会 (口頭発表、ポスター発表)、タワーホール船堀、2022年7月7日-8日
  12. 原口武士，玉那覇正典，鈴木花野，吉村考平，伊美拓真，富永基樹，坂山英俊，西山智明，村田武士，伊藤光二
    "生物界最速のChara braunii（シャジクモ）のミオシンXIの発見"
    日本植物学会 第86回大会 (ポスター発表)、京都府立大学、2022年9月17日
  13. Takeshi Haraguchi, Masanori Tamanaha, Kano Suzuki, Kohei Yoshimura, Takuma Imi, Motoki Tominaga, Hidetoshi Sakayama, Tomoaki Nishiyama, Takeshi Murata, Kohji Ito
    "Discovery of the fastest myosin, its amino acid sequence, and structural features"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  14. Yui Kanaoka, Yuto Nonaka, Norie Hamaguchi, Takeshi Murata, Florence Tama, Takayuki Uchihashi
    "Molecular structure dynamics identification method development based on High speed AFM imaging data"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  15. Yuto Nonaka, Norie Hamaguchi, Fuhito Nakagawa, Satoshi Ogasawara, Takesi Murata, Takayuki Uchihashi
    "高速 AFM による ABC トランスポーター P-gp の動態観察"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  16. 石塚 智大、鈴木 花野、川﨑 佑真、今野 雅恵、村田 武士、井上 圭一
    "新奇塩化物イオンポンプロドプシンの輸送メカニズム研究"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  17. Raymond N. Burton-Smith, Jun Tsunoda, Chihong Song, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    "The Off-Axis Rotor of Enterococcus hirae V-type ATPase by Volta Phase Contrast and Conventional Phase Cryo-EM"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  18. 大友 章裕、飯田 龍也、上野 博史、村田 武士、飯野 亮太
    "Single-molecule analysis and engineering of rotary V-ATPase"
    第60回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、函館アリーナ・函館市民会館、2022年9月28日-30日
  19. 石塚智大、鈴木花野、川﨑佑真、今野雅恵、村田武士、井上圭一
    "新奇光駆動型イオンポンプによる塩化物イオン輸送機構"
    第12回CSJ化学フェスタ2022 (ポスター発表)、タワーホール堀、2022年10月18日-20日
  20. Takeshi Murata, Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Masahiro Kinoshita
    "Development of an Outward Proton Pumping Rhodopsin with a New Record in Thermostability by Means of Amino-acid Mutations"
    第19回レチナール蛋白質国際会議 (ポスター発表)、ロイトン札幌、2022年10月30日-11月4日
  21. Tomohiro Ishizuka, Kano Suzuki, Yuma Kawasaki, Masae Konno, Takeshi Murata, Keiichi Inoue
    "Unique ion transport mechanism by novel chloride pump rhodopsin from soil bacteria"
    第19回レチナール蛋白質国際会議 (ポスター発表)、ロイトン札幌、2022年10月30日-11月4日
  22. 小笠原 諭、陳 思思、渋谷 南美、中川 史、濱口 紀江、宮下 靖臣、安田 賢司、村田 武士
    "抗His-tagモノクローナル抗体を用いたアフィニティー精製系の最適化"
    第95回日本生化学会大会 (ポスター発表)、名古屋国際会議場、2022年11月9日-11日
  23. 中川 史、陳 思思、濱口 紀江、宮下 靖臣、長瀬 里沙、吉川 真鈴、安田 賢司、白石 充典、伊藤 圭祐、千田 俊哉、村田 武士、小笠原 諭
    "抗nanodisc(MSP)抗体を用いた分子間相互作用における速度論解析系の開発"
    第95回日本生化学会大会 (口頭発表、ポスター発表)、名古屋国際会議場、2022年11月9日-11日
  24. 穂谷野 知佳、鈴木 里佳、廣畑 雅史、村田 武士、小島 慧一、須藤 雄気、高橋 栄夫
    "溶液NMR法を用いたプロトンポンプ型ロドプシンTRとカロテノイドの相互作用解析"
    第45回日本分子生物学会年会 (ポスター発表)、幕張メッセ、2022年11月30日-12月2日
  25. 髙橋 咲紀、李 勇燦、小笠原 諭、村田 武士、金井 好克、西澤 知宏
    "L型アミノ酸輸送体2(LAT2)のクライオ電子顕微鏡構造解析"
    第45回日本分子生物学会年会 (ポスター発表)、幕張メッセ、2022年11月30日-12月2日
  26. 濱口 紀江、安達 成彦、守屋 俊夫、川崎 政人、安田 賢司、千田 俊哉、小笠原 諭、村田 武士
    "クライオ電子顕微鏡を用いた薬物動態関連膜タンパク質P糖タンパク質の三次元立体構造解析"
    第96回日本薬理学会年会 (口頭発表)、パシフィコ横浜、2022年11月30日-12月3日

招待講演

  1. 村田 武士
    "好熱菌ロドプシンから学ぶ膜タンパク質の耐熱化戦略"
    第22回日本蛋白質科学会年会ワークショップ、つくば、2022年6月7日
  2. 村田 武士
    "素人でもできる膜タンパク質の生産と構造機能解析"
    第１回BINDS公開講座、オンライン開催、2022年9月22日
  3. 村田 武士
    "膜タンパク質構造解析の秘訣ー成功する結晶化・クライオ電顕には何が必要かー"
    名工大セミナー、名古屋、2022年10月13日
  4. 濱口 紀江
    "多剤排出トランスポーターP糖タンパク質の単粒子構造解析"
    生理研研究会「新世代のクライオ電子顕微鏡」、岡崎、2022年11月1日
  5. 村田 武士
    "クライオ電顕ネットワークユーザーグループの役割"
    日本顕微鏡学会　第65回シンポジウム、倉敷、2022年11月5日-6日
  6. 村田 武士
    "P糖タンパク質の構造ダイナミクスと薬物相互作用"
    日本薬物動態学会 第37回年会年会企画シンポジウム、横浜、2022年11月7日
  7. 村田 武士
    "クライオ電顕ネットワークユーザーグループのこれまでについて"
    第45回日本分子生物学会フォーラム企画、幕張、2022年12月1日
  8. 村田 武士
    "GPCRの耐熱化戦略"
    第96回日本薬理学会年会共催シンポジウム、横浜、2022年12月3日

特許

  1. 村田武士、小笠原諭
    "膜タンパク質のC末端に付加したHis-tagに対する高親和性モノクローナル抗体"
    特願2022-091863号（出願日；R4.6.6）
  2. 村田武士、小笠原諭、中川史
    "ナノディスクに対する高親和性抗MSPモノクローナル抗体"
    特願2022-091842号（出願日；R4.6.6）

プレスリリース

  1. "最も安定な水素イオン排出ポンプの創出に成功　理論計算を駆使して膜タンパク質を効率的かつ大幅に耐熱化する手法を構築"
    令和４年２月２１日
  2. "生物界で最速のミオシンの発見とその構造解析に成功 植物の成長促進やナノマシン開発に期待"
    令和４年２月２１日
  3. "病気に関連する膜タンパク質のカタチを明らかにし、新薬の開発を目指す"
    令和４年６月７日
  4. "たんぱく質ナノモーターの回転メカニズムの全貌解明―多剤耐性腸球菌の抗菌薬開発に期待―"
    令和４年７月１５日
  5. "回転イオンポンプの２つの分子モーターは硬く繋がり連動して働く"
    令和４年１０月１１日
  6. "呼吸鎖酵素に隠された阻害機構の解明〜病原菌特異的な新規抗菌薬の合理的創出を目指して〜"
    令和４年１２月９日

新聞掲載

  1. "ミオシン、生物界最速 モータータンパク超高速運動ナノマシンに道"
    日刊工業新聞、令和４年３月１日

受賞

  1. 貝塚 祐太、濱口 紀江、市橋 莉大
    "α線治療薬剤開発プラットフォーム事業"
    千葉大学IMO主催 第1回なのはなコンペ(アドバンスコース)2021 最優秀賞 , 2022年1月.
  2. 濱口 紀江、安達 成彦、今野 翔、川崎 政人、守屋 俊夫、安田 賢司、小笠原 諭、林 良雄、千田 俊哉、村田 武士
    "新型コロナウイルス 3CL プロテアーゼ阻害剤が結合した P 糖タンパク質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析"
    第22回日本蛋白質科学会年会　学生口頭発表賞 , 2022年6月7日-9日.
  3. 濱口 紀江、安達 成彦、今野 翔、川崎 政人、守屋 俊夫、安田 賢司、小笠原 諭、林 良雄、千田 俊哉、村田 武士
    "新型コロナウイルス治療薬候補化合物が結合した多剤排出トランスポーターP糖タンパク質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析"
    第6回黒潮カンファレンス　優秀発表賞 , 2022年7月3日.