生体構造化学研究室

▶ 2020年 - 研究成果

発表論文

  1. Satoshi Yasuda, Kazuki Kazama, Tomoki Akiyama, *Masahiro Kinoshita, and *Takeshi Murata
    "Elucidation of Cosolvent Effects Thermostabilizing Water-Soluble and Membrane Proteins"
    J. Mol. Liq., 301, 112403(1-10) (2020).
  2. Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Kano Suzuki, Tomoki Akiyama, Kanae Kanehara, Keiichi Kojima, Mikio Tanabe, Ryuichi Kato, Toshiya Senda, Yuki Sudo, *Takeshi Murata, and *Masahiro Kinoshita
    "How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?"
    J. Phy. Chem. B, 124, 990-1000 (2020).
  3. Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Sayaka Nemoto, Tomohiko Hayashi, Tatsuya Ueta, Keiichi Kojima, Takashi Tsukamoto, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Yuki Sudo, *Masahiro Kinoshita, and *Takeshi Murata
    "Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein with Its Original Function Being Retained Using Amino-Acid Mutations"
    J. Chem. Info. Mod., 60, 1709-1716 (2020).
  4. Takeshi Murata, Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, *Masahiro Kinoshita
    "Theoretical identification of thermostabilizing amino-acid mutations for G-protein coupled receptors"
    Biophys. Rev., 12, 323-332 (2020).
  5. Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Kano Suzuki, Tomoki Akiyama, Kanae Kanehara, Keiichi Kojima, Mikio Tanabe, Ryuichi Kato, Toshiya Senda, Yuki Sudo, *Takeshi Murata, and *Masahiro Kinoshita
    "Correction to “How Does a Microbial Rodhopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?”"
    J. Phys. Chem. B, 124, 2973 (2020).
  6. *Eisuke Itakura, Momoka Chiba, Takeshi Murata and Akira Matsuura
    "Heparan sulfate is a clearance receptor for aberrant extracellular proteins"
    J. Cell Biol., 219, e201911126 (2020).
  7. *Satoshi Ogasawara, Kano Suzuki, Kentaro Naruchi, Seiwa Nakamura, Junpei Shimabukuro, Nanase Tsukahara, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, *Takeshi Murata
    "Crystal structure of an anti-podoplanin antibody bound to a disialylated O-linked glycopeptide"
    Biochem. Biophys. Res. Commun., 533, 57-63 (2020).
  8. Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Sayaka Nemoto, Kazuki Kazama, Masako Hirose, Yuki Sudo, Yoshinori Matsuura, Hisashi Naitow, *Takeshi Murata
    "Further thermo-stabilization of thermophilic rhodopsin from Thermus thermophilus JL-18 through engineering in extramembrane regions"
    Proteins：Structure、Function、and Bioinformatics., 89, 301-310 (2020).
  9. Satoshi Arai†, Shintaro Maruyama†, Mitsunori Shiroishi, Ichiro Yamato*, *Takeshi Murata
    "An affinity change model to elucidate the rotation mechanism of V1-ATPase"
    Biochem. Biophys. Res. Commun., 533, 1413-1418 (2020).
    †These authors contributed equally to this work
  10. *Akihiko Nakamura, Daiki Ishiwata, Akasit Visootsat, Taku Uchiyama, Kenji Mizutani, Satoshi Kaneko, *Takeshi Murata, Kiyohiko igarashi and *Ryota Iino
    "Domain architecture divergence leads to functional divergence in binding and catalytic domains of bacterial and fungal cellobiohydrolases"
    J. Biol. Chem., 295, 14606-14617 (2020).

総説

  1. 安田賢司、林智彦、村田 武士、木下正弘
    "サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に関する統計熱力学的解析"
    月刊「細胞」, ニュー・サイエンス社, 52, No.2, 37–41 (2020).
  2. 安田賢司、林智彦、村田 武士、木下正弘
    "サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析"
    アグリバイオ, 北隆館, 4, No. 3, 61–67 (2020).
  3. 村田 武士、鈴木花野
    "さまざまな役割をもつヒトV-ATPaseの理解に向けて"
    実験医学, 羊土社, 38, No. 5(増刊), 124–130 (2020).
  4. Takeshi Murata
    "Overview of Taiwan-Japan joint symposium (2SDP) on structural biology using X-ray crystallography and cryo-EM at the 2019 BSJ meeting"
    Biophys. Rev., DOI https://doi.org/10.1007/s12551-020-00666-9 (2020).
  5. 山登一郎、鈴木花野、村田 武士
    "回転分子モーターV1-ATPaseの回転機構"
    生体の科学, 医学書院, 71, No. 4, 333-337.
  6. 小笠原諭、村田 武士
    "構造解析のための膜タンパク質調製法"
    膜タンパク質工学ハンドブック, NTS, 16-22.
  7. Ichiro Yamato, Takeshi Murata
    "Rotation mechanism revealed from the three-dimensional structure and single molecule observation of V1-ATPase from E. hirae"
    Quantum Bio-Informatics VI from Quantum Information to Bio-Informatics, World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., 31, 177-184.

学会等における発表

  1. 廣畑 雅史、鈴木 里佳、小島 慧一、吉田 真帆子、村田 武士、須藤 雄気、高橋 栄夫
    "溶液NMRを用いた微生物型プロトンポンプ型ロドプシンRxRの機能・構造解析"
    第43回日本分子生物学会年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2020年12月2日-4日
  2. Ryosuke Nakano, Nanao Suzuki, Simon Hikiri, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Development of the screening system to create active GPCR mutants"
    The 1st International Symposium on Molecular Engine (ポスター発表)、千葉大学、2020年1月8日
  3. Ryosuke Nakano, Nanao Suzuki, Simon Hikiri, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Development of the screening system to create active GPCR mutants"
    第三回発動分子科学領域会議 (ポスター発表)、千葉大学、2020年1月9日-10日
  4. 清水 康輝、薬師寺 リカ ファビアナ、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
    "Na+輸送性V-ATPaseはバンコマイシン耐性腸球菌に対する新たな創薬標的である"
    第93回日本細菌学会総会 (ポスター発表)、ウインク愛知、2020年2月19日-21日
  5. 櫻井 遊、阿部 のどか、小笠原 諭、加藤 幸成、村田 武士、丹下 耕太、中井 悠太、吉岡 宏樹、玉川 晋也、田中 浩揮、秋田 英万
    "リンパ管内皮細胞を標的とする核酸搭載脂質ナノ粒子の開発"
    日本薬学会　第140年会、京都、2020年3月26日
  6. Tatsuki Asai, Kano Suzuki, Naruhiko Adachi, Masato Kawasaki, Toshio Moriya, Toshiya Senda, Satoshi Ogasawara, Takeshi Murata
    "Structure of the voltage-dependent potassium channel (hERG) using cryo-electron microscopy"
    第58回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2020年9月16日-18日
  7. Akihiro Otomo, Tatsuya Iida, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Single-molecule analysis of rotation of Enterococcus hirae V-ATPase depending on sodium ion concentration"
    第58回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2020年9月16日-18日
  8. 丸山 慎太郎
    "X線結晶構造解析 × 〇〇 で迫る！回転分子モータータンパク質V1-ATPaseの一方向回転メカニズム"
    日本結晶学会令和2年（2020年）度年会及び会員総会70周年記念大会　結晶学会若手の会2020 (口頭発表)、オンライン開催、2020年11月13日
  9. 丸山 慎太郎、新井 聡、白石 充典、山登 一郎、村田 武士
    "V1-ATPaseの回転メカニズムを明らかにする親和性変化モデル"
    日本生体エネルギー研究会第46回討論会 (口頭発表)、オンライン開催、2020年12月9日-11日
  10. 丸山 慎太郎、新井 聡、白石 充典、山登 一郎、村田 武士
    "V1-ATPaseの回転メカニズムを明らかにする親和性変化モデル"
    日本生体エネルギー研究会第46回討論会 (ポスター発表)、オンライン開催、2020年12月9日-11日

招待講演

  1. 小笠原 諭
    "創薬研究を支援する高付加価値抗体作製"
    第７回 千葉大学キラリティーネットワーク研究会講演会、千葉、2020年1月24日
  2. 村田 武士
    "千葉大での活用事例：構造生物分野"
    千葉大-KEK連携　第二回合同シンポジウム、つくば、2020年1月31日
  3. 村田 武士
    "タンパク質の形から薬をデザインする"
    「大人が楽しむ科学教室」、千葉市科学館、千葉、2020年9月12日

特許

  1. 村田 武士、清水康輝、ヤクシジファビアナリカ、森山克彦
    "Ｖ－ＡＴＰａｓｅ活性阻害剤、抗菌剤、医薬及び抗菌方法並びにスクリーニング方法"
    国際出願番号：PCT/JP2020/1047 （出願日；R2.1.15）

プレスリリース

  1. "抗体が糖ペプチドと結合する立体構造を明らかに ―生命科学で重要となる糖鎖構造の解明へ前進―"
    令和２年９月２８日
  2. "膜タンパク質の耐熱化変異体を合理的に設計 -立体構造に基づく創薬を促進する-"
    令和２年１１月５日

受賞

  1. 清水 康輝、薬師寺 リカ ファビアナ、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
    "Na+輸送性V-ATPaseはバンコマイシン耐性腸球菌に対する新たな創薬標的である"
    第93回日本細菌学会総会 優秀発表賞, ウインク愛知, 2020年2月20日.