▶ 2021 - Activity

Publications

  1. Hironori Takeda, Akihisa Tsutsumi, Tomohiro Nishizawa, Caroline Lindau, Jon V. Busto, Lena-Sophie Wenz, Lars Ellenrieder, Kenichiro Imai, Sebastian P. Straub, Waltraut Mossmann, Jian Qiu, Yu Yamamori, Kentaro Tomii, Junko Suzuki, Takeshi Murata, Satoshi Ogasawara, Osamu Nureki, Thomas Becker, Nikolaus Pfanner, Nils Wiedemann, Masahide Kikkawa & *Toshiya Endo
    "Mitochondrial sorting and assembly machinery operates by β-barrel switching"
    Nature, 590, 163-169 (2021).
  2. Tatsuki Asai, Naruhiko Adachi, Toshio Moriya, Hideyuki Oki, Takamitsu Maru, Masato Kawasaki, Kano Suzuki, Sisi Chen, Ryohei Ishii, Kazuko Yonemori, Shigeru Igaki, Satoshi Yasuda, Satoshi Ogasawara, Toshiya Senda, *Takeshi Murata
    "Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel complexed with the blocker astemizole"
    Structure, 29, 203 (2021)
  3. Kouki Shimizu, Issei Seiki, Yoshiyuki Goto, and *Takeshi Murata
    "Measurement of the Intestinal pH in Mice under Various Conditions Reveals Alkalization Induced by Antibiotics"
    Antibiotics, 10, 180 (2021).
  4. *Dmitry Ghilarov, *Satomi Inaba-Inoue, *Piotr Stepien, Feng Qu, ElizabethMichalczyk, Zuzanna Pakosz, Norimichi Nomura, Satoshi Ogasawara, Graham Walker, Sylvie Rebuffat, So Iwata, Jonathan Gardiner Heddle, Konstantinos Beis
    "Molecular mechanism of SbmA, a promiscuous transporter exploited by antimicrobial peptides"
    Science Advances, 7, eabj5363 (2021).
  5. Atsuhiro Tomita, Takashi Daiho, Tsukasa Kusakizako, Keitaro Yamashita, Satoshi Ogasawara, Takeshi Murata, *Tomohiro Nishizawa, *Osamu Nureki
    "Cryo-EM reveals mechanistic insights into lipid-facilitated polyamine export by human ATP13A2"
    Mol. Cell, 81, 4799-4809.e5 (2021).
  6. Masaya Mitsumoto, Kanna Sugaya, Kazuki Kazama, Ryosuke Nakano, Takahiro Kosugi, *Takeshi Murata and *Nobuyasu Koga
    "State-Targeting Stabilization of Adenosine A2A Receptor by Fusing a Custom-Made De Novo Designed α-Helical Protein"
    Int. J. Mol. Sci., 22, 12906 (2021).

Reviews

  1. 安田賢司、林智彦、村田 武士、木下正弘
    "サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学解析"
    アグリバイオ, 北隆館, 4, No. 3, 61–66 (2021).
  2. Haruki Nakamura, Masahide Kikkawa, Takeshi Murata
    "Technical Development and Sharing of High-Resolution Cryo-Electron Microscopes"
    Biophysics and Physicobiology, 18, 265–266 (2021).
  3. 村田武士
    "様々な病気の原因となる、重要なタンパク質の立体構造がわかる！画期的手法を開発"
    みらいぶっく 最先端研究を訪ねて (2021).
  4. 須藤 雄気、村田 武士
    "日本生物物理学会第58回年会報告　若手奨励賞および若手招待講演賞"
    生物物理, 61, 049-050 (2021).
  5. 村田武士
    "MicroCal測定事例"
    マルバーン.

Presentations

  1. Ray Burton-Smith, Jun Tsunoda, Chihong Song, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    "The States of the Off-Axis Rotor of Enterococcus hirae V-type ATPase by Cryo-EM"
    顕微鏡学会第77回学術講演会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月14日-16日
  2. 村田 武士
    "ADMETox 関連タンパク質の構造解析に関する産学官連携"
    第21回日本蛋白質科学年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月16日-18日
  3. 小笠原 諭、稲村 光亮、陳 思思、中川 史、安田 賢司、村田 武士
    "膜タンパク質の構造解析・機能解析のためのアフィニティ精製システムの構築"
    第21回日本蛋白質科学年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月16日-18日
  4. 濱口 紀江、安達 成彦、守屋 俊夫、川崎 政人、陳 思思、稲村 光亮、安田 賢司、千田 俊哉、小笠原 諭、村田 武士
    "クライオ電子顕微鏡による多剤排出トランスポーター P-glycoprotein の構造解析"
    第21回日本蛋白質科学年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月16日-18日
  5. 宮下 靖臣、浅井 樹、稲村 光亮、佐藤 雄哉、陳 思思、小笠原 諭、村田 武士
    "電位依存性カリウムチャネル (hERG) の On-column Nanodisc 化技術の開発"
    第21回日本蛋白質科学年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月16日-18日
  6. 三本 斉也、菅谷 幹奈、風間 一輝、中野 僚介、小杉 貴洋、村田 武士、 古賀 信康
    "融合パートナータンパク質のデノボデザインによる GPCR の状態選択的安定化"
    第21回日本蛋白質科学年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年6月16日-18日
  7. 小笠原 諭、陳 思思、中川 史、渋谷 南美、安田 賢司、村田 武士
    "膜蛋白質の抗体アフィニティ精製システムの構築"
    量子生命科学会第3回大会 (口頭発表)、オンライン開催、2021年9月16日
  8. 安田賢司、林智彦、小笠原 諭、村田 武士、木下正弘
    "G タンパク質共役型受容体を熱安定化するアミノ酸置換の理論的予測法の開発"
    量子生命科学会第3回大会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年9月16日
  9. 小笠原 諭、渋谷 南美、中川 史、陳 思思、村田 武士
    "Characterization of anti-His-tag monoclonal antibody “iHis8” and application of purification system using “iHis8”"
    第94回日本生化学大会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月3日-5日
  10. 濱口 紀江、安達 成彦、守屋 俊夫、川崎 政人、陳 思思、安田 賢司、千田 俊哉、小笠原 諭、村田 武士
    "多剤排出トランスポーターP糖タンパク質に結合するコレステロールの構造とその役割"
    第94回日本生化学大会 (口頭発表、ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月3日-5日
  11. 中川 史、小笠原 諭、陳 思思、安田 賢司、村田 武士
    "Anti-MSP antibody establishment aiming for application of nanodisc"
    第94回日本生化学大会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月3日-5日
  12. 鶴町 真也、中川 史、陳 思思、村田 武士、小笠原 諭
    "様々なGPCRの構造解析に有用な融合蛋白質に対するモノクローナル抗体の樹立"
    第94回日本生化学大会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月3日-5日
  13. 中村 星王、陳 思思、村田 武士、小笠原 諭
    "新型コロナウイルス侵入標的ヒト膜タンパク質に対する機能性抗体の創出"
    第94回日本生化学大会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月3日-5日
  14. 鈴木 花野、原口 武士、吉村 考平、伊美 拓真、伊藤 光二、村田 武士
    "運動速度が速いミオシンXIのX線結晶構造解析"
    令和3年(2021年)度日本結晶学会年会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年11月19日-21日
  15. Keiichi Inoue, Kano Suzuki, Masae Konno, Reza Bagherzadeh, Andrey Rozenberg, María del Carmen Marín, Oded Béjà, Takeshi Murata
    "X-ray crystallographic analysis on DTG rhodopsin"
    第59回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、オンライン開催、2021年11月25日-27日
  16. Tatsuki Asai, Naruhiko Adachi, Toshio Moriya, Hideyuki Oki, Takamitsu Maru, Masato Kawasaki, Kano Suzukia, Sisi Chen, Ryohei Ishii, Kazuko Yonemori, Shigeru Igaki, Satoshi Yasuda, Satoshi Ogasawara, Toshiya Senda, Takeshi Murata
    "Cryo-EM Structure of K+-Bound hERG Channel Complexed with the Blocker Astemizole"
    第59回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、オンライン開催、2021年11月25日-27日
  17. Akihiro Otomo, Tatsuya Iida, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Direct Observation of Stepping Rotation of V-ATPase Reveals Rigid and Non-integer Coupling between Vo and V1 Motors"
    第59回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、オンライン開催、2021年11月25日-27日
  18. Masaya Mitsumoto, Kanna Sugaya, Kazuki Kazama, Ryosuke Nakano, Takahiro Kosugi, Takeshi Murata, Nobuyasu Koga
    "De novo design of an alpha-helical fusion partner protein to stabilize adenosine A2A receptor in the inactive state"
    第59回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、オンライン開催、2021年11月25日-27日
  19. 菅谷 幹奈、安田 賢司、佐藤 愼吾、藤木祐美、陳 思思、小笠原 諭、木下 正弘、村田 武士
    "G タンパク質共役型受容体を熱安定化するアミノ酸置換の理論的予測法の開発"
    第 2 回 発動分子科学研究会 (ポスター発表)、オンライン開催、2021年12月1日
  20. 穂谷野 知佳、鈴木 里佳、廣畑 雅史、須藤 雄気、小島 慧一、村田 武士、高橋 英夫
    "Sample preparation of proton pump rhodopsin TR for NMR analysis"
    第44回 日本分子生物学会年会 (ポスター発表)、パシフィコ横浜、2021年12月1日-3日
  21. 白石 充典、松原 直紀、安田 賢司、齊藤 秀俊、津田 誠、木下 正弘、村田 武士、植田 正
    "P2Y12受容体の理論的予測法による安定化とSaccharomyces cerevisiae発現系を用いた大量調製"
    第44回 日本分子生物学会年会 (ポスター発表)、パシフィコ横浜、2021年12月1日-3日

Invited lectures

  1. 村田 武士
    "ヒト膜タンパク質の大量生産と構造解析"
    R022量子構造生物学委員会第二回研究会、オンライン、2021年3月19日
  2. 村田 武士
    "バンコマイシン耐性腸球菌V-ATPaseの生化学"
    第94回日本細菌学会総会シンポジウム、オンライン、2021年3月25日
  3. 村田 武士
    "膜タンパク質の大量精製システムと構造解析について"
    令和3年度物構研コロキウム第1回、オンライン、2021年4月12日
  4. 村田 武士
    "ADMETox関連タンパク質の構造解析に関する産学官連携"
    第21回日本蛋白質科学会年会シンポジウム、オンライン、2021年6月16日

Press release

  1. "ミトコンドリアにバレル(円筒)型膜タンパク質を組み込む仕組みを解明"
    令和３年１月７日
  2. "副作用原因タンパク質 hERG チャネルと薬剤の複合体構造を明らかにすることに成功
    −重篤な副作用の回避にもクライオ電子顕微鏡解析が役立つ−"
    令和３年１月１５日
  3. "抗菌ペプチドは細菌の細胞内にどのように取り込まれるのか?
    −細菌の膜輸送体 SbmA の立体構造の解明−"
    令和３年９月８日

Award

  1. 濱口 紀江
    "クライオ電子顕微鏡の今後の発展における人材投資の重要性について"
    第21回 理工系学生科学技術論文コンクール 入賞, 2021年3月.
  2. 濱口 紀江、安達 成彦、守屋 俊夫、川崎 政人、陳 思思、稲村 光亮、安田 賢司、千田 俊哉、小笠原 諭、村田 武士
    "クライオ電子顕微鏡による多剤排出トランスポーター P-glycoprotein の構造解析"
    第21回日本蛋白質科学年会 ポスター賞, 2021年6月16日-18日.
  3. 三本 斉也、菅谷 幹奈、風間 一輝、中野 僚介、小杉 貴洋、村田 武士、 古賀 信康
    "融合パートナータンパク質のデノボデザインによる GPCR の状態選択的安定化"
    第21回日本蛋白質科学年会 ポスター賞, 2021年6月16日-18日.
  4. 貝塚 祐太、濱口 紀江、市橋 莉大
    "α線治療薬剤開発プラットフォーム事業"
    第19回なのはなコンペ2021 最優秀賞, 2021年8月5日.
  5. 中川 史
    "次世代医薬品開発の基盤を築く創薬バイオベンチャービジネス"
    第19回なのはなコンペ2021 知財活用賞, 2021年8月5日.
  6. 菅谷 幹奈
    "理論計算と進化分子工学を融合した GPCR 熱安定変異体スクリーニング系の開発"
    第 2 回 発動分子科学研究会　優秀ポスター賞, 2021年12月1日.