▶ 2019 - Activity

Publications

  1. Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, Shoichiro Horita, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Yusuke Sekiguchi, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Tomoko Shimizu, Yuji Urushibata, Yuta Kajiwara, Tomoaki Inazumi, Yunhon Hotta, Hidetsugu Asada, Takanori Nakane, Yuki Shiimura, Tomoya Nakagita, Kyoshiro Tsuge, Suguru Yoshida, Tomoko Kuribara, Takamitsu Hosoya, Yukihiko Sugimoto, Norimichi Nomura, Miwa Sato, Takatsugu Hirokawa, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata, Kiyoshi Takayama, Masaki Yamamoto, *Shuh Narumiya, *So Iwata, and *Takuya Kobayashi
    "Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4 at the lipid-bilayer interface"
    Nat. Chem. Biol., 15, 18-26 (2019).
  2. Shintaro Maruyama, Kano Suzuki, Motonori Imamura, Hikaru Sasaki, Hideyuki Matsunami, Kenji Mizutani, Yasuko Saito, Fabiana L. Imai, Yoshiko Ishizuka-Katsura Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Ichiro Yamato, and *Takeshi Murata
    "Metastable asymmetrical structure of a shaftless V1 motor"
    Sci. Adv., 5, eaau8149 (2019).
  3. *Abhishek Singharoy, Chris Chipot, Toru Ekimoto, Kano Suzuki, Mitsunori Ikeguchi, Ichiro Yamato and *Takeshi Murata
    "Rotational Mechanism Model of the Bacterial V1 Motor Based on Structural and Computational Analyses"
    Front. Physiol., 10, 46 (2019).
  4. Daisuke Takahashi, Kano Suzuki, Taiichi Sakamoto, Takeo Iwamoto, Takeshi Murata, and *Fumio Sakane
    "Crystal structure and calcium-induced conformational changes of diacylglycerol kinase α EF-hand domains"
    Prot. Sci., 28, 694 (2019).
  5. Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, *Takeshi Murata, and *Masahiro Kinoshita
    "Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability"
    J. Chem. Phys, 150, 055101 (2019).
  6. Kouhei Yoshida, Satoru Nagatoishi, Daisuke Kuroda, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, and *Kouhei Tsumoto
    "Phospholipid Membrane Fluidity Alters Ligand Binding Activity of a G Protein-Coupled Receptor by Shifting the Conformational Equilibrium"
    Biochemistry, 58, 504-508 (2019).
  7. Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Fumihiro Kawai, Takeshi Murata, and *Ryota Iino
    "Single-molecule analysis reveals rotational substeps and chemo-mechanical coupling scheme of Enterococcus hirae V1-ATPase"
    J. Biol. Chem., 294, 17017-17030 (2019).
  8. Daisuke Sano, Ichiro Ide, Tomoki Akiyama, Yuya Tanaka, Yuki Sudo, Takeshi Murata, and *Hisao Ishii
    "Application of High-Sensitivity UV photoemission Spectroscopy to Examine the Electronic Structure of Thermophilic Rhodopsin"
    Mol. Cryst. Liq. Cryst., 687, 34-39 (2019).
  9. Shuichi Sakamoto, Hiroyuki Inoue, Mika K Kaneko, Satoshi Ogasawara, Masunori Kajikawa, Sakiko Urano, Shun-Ichi Ohba, Yukinari Kato, Manabu Kawada
    "Generation and evaluation of a chimeric antibody against coxsackievirus and adenovirus receptor for cancer therapy"
    Cancer Sci., 110, 3595-3602 (2019).
  10. Tomoyuki Nakano, Satoshi Ogasawara, Toshiaki Tanaka, Yasukazu Hozumi, Masato Sano, Yusuke Sayama, Shinji Yamada, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Kaoru Goto
    "DzMab-1: Anti-Human Diacylglycerol Kinaseζ Monoclonal Antibody for Immunocytochemistry"
    Monoclon Antib Immunodiagn Immunother., 38, 179-182 (2019).

Presentations

  1. 村田武士
    "理論計算と進化分子工学を融合したG蛋白質共役型受容体の革新的耐熱化法の開発"
    ImPACT 野地プログラム最終成果報告会 －人工細胞リアクタが拓くイノベーション－ (口頭発表)、東京、2019年3月5日
  2. 安田 賢司、林 智彦、梶原 佑太、村田武士、木下 正弘
    "サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いの統計熱力学的解析"
    ImPACT 野地プログラム最終成果報告会 －人工細胞リアクタが拓くイノベーション－ (ポスター発表)、東京、2019年3月5日
  3. 清水 康輝、薬師寺 リカ ファビアナ、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
    "バンコマイシン耐性腸球菌に存在するV-ATPaseを分子標的とした新規抗菌薬の開発"
    第92回日本細菌学会総会 (ポスター発表)、札幌コンベンションセンター、2019年4月23日
  4. Kouki Shimizu, Fabiana Lica Yakushiji, Katsuhiko Moriyama, Yoshiyuki Goto, Takeshi Murata
    "Inhibition of V-ATPase decrease the growth of Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) specifically"
    第2回AMED薬剤耐性シンポジウム (ポスター発表)、日本橋ライフサイエンスハブ、2019年5月27日
  5. Kouki Shimizu, Fabiana Lica Yakushiji, Katsuhiko Moriyama, Yoshiyuki Goto, Takeshi Murata
    "Na+-transporting V-ATPase is a new target for drug development against Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE)"
    Gordon Research Conference (Bioenergetics) 2019 (ポスター発表), Proctor Academy, Andover, NH, US, 2019年6月2日-7日
  6. Shintaro Maruyama, Motonori Imamura, Takayuki Uchihashi, Kazuya Nakamoto, Kenji Mizutani, Fabiana L. Imai, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Toshio Ando, Ichiro Yamato, Takeshi Murata
    Combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals the mechanism of the rotary catalysis of a shaftless V1 motor"
    Gordon Research Conference (Bioenergetics) 2019 (ポスター発表), Proctor Academy, Andover, NH, US, 2019年6月2日-7日
  7. Ryoji Suno, Sangbae Lee, Shoji Maeda, Satoshi Yasuda, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Shoichiro Horita,
    Maki Tawaramoto, Hirokazu Tsujimoto, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita, Masaki Yamamoto, Brian Kobilka, Nagarajan Vaidehi, So Iwata, Takuya Kobayashi
    "Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2 muscarinic receptor"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月24日
  8. Tatsuki Asai, Kousuke Inamura, Yuya Sato, Sisi Chen, Satoshi Ogasawara, Takeshi Murata
    "Construction of membrane protein purification system using fluorescent protein antibody "
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月24日
  9. Masaya Mitsumoto, Nanao Suzuki, Ryosuke Nakano, Takahiro Kosugi, Takeshi Murata, Nobuyasu Koga
    "De novo design of super-stable fusion partner toward state-dependent stabilization of GPCR"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月24日
  10. 小笠原 諭、高椋 勇樹、陳 思思、稲村 光亮、安田 賢司、村田 武士
    "抗ヒトアデノシンA2a受容体モノクローナル抗体の樹立"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月25日
  11. Kousuke Inamura, Tastuki Asai, Takeshi Murata, Satoshi Ogasawara
    "Generation of monoclonal antibody recognizing plural fluorescent proteins"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月25日
  12. Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Takeshi Murata, Takatugu Hirokawa, Masahiro Kinoshita
    "Development of Membrane Protein-Ligand Binding Free-Energy Function Based on Statistical Thermodynamics"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会（ポスター発表）、神戸、2019年6月25日
  13. 小笠原 諭、高椋 勇樹、陳 思思、稲村 光亮、安田 賢司、村田 武士
    "ヒトアデノシンA2a受容体に対するモノクローナル抗体の性質決定"
    第92回日本生化学会大会（ポスター発表）、横浜、2019年9月19日
  14. 金沢 達志、清水 康輝、Fabiana Lica Yakushiil、森山 克彦、後藤 義辛、村田 武士
    "ウェルシュ菌V-ATPaseをターゲットとした新規抗"
    第92回日本生化学会大会（ポスター発表）、横浜、2019年9月20日
  15. Ryoji Suno, Sangbae Lee, Shoji Maeda, Satoshi Yasuda, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita, Masaki Yamamoto, Brian Kobilka, Nagarajan Vaidehi, So Iwata, Takuya Kobayashi
    "Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2 muscarinic receptor"
    第57回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月24日
  16. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuki Takamuku, Nanao Suzuki, Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, So Iwata, Takuya Kobayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Theoretical Prediction of Thermostabilizing Mutations for GPCR: Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in Class A GPCRs"
    第57回日本生物物理学会年会 (口頭発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月24日
  17. Shintaro Maruyama, Motonori Imamura, Takayuki Uchihashi, Kazuya Nakamoto, Mizutani Kenji, Lica Fabiana Imai, Kano Suzuki, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Tomomi Someya-Kimura, Mikako Shirouzu, Ichiro Yamato, Toshio Ando, Takeshi Murata
    "The combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals rotary catalysis of a shaftless V1 motor"
    第57回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月25日
  18. Tomoki Akiyama, Naoki Kunishima, Masako Hirose, Sayaka Nemoto, Stoshi Yasuda, Yuki Sudo, Takeshi Murata
    "Further Thermo-Stabilization of Thermophilic Rhodopsin through Engineering in Intramembrane and Extramembrane Regions"
    第57回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月24日
  19. Masaya Mitsumoto, Nanao Suzuki, Ryosuke Nakano, Takahiro Kosugi, Takeshi Murata, Nobuyasu Koga
    "Tailor-made design of superstable proteins from scratch for rational stabilization of GPCR"
    第57回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月25日
  20. Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Fumihiro Kawai, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Chemo-mechanical coupling scheme of rotary molecular motor Enterococcus hirae V1-ATPase revealed by single-molecule analysis"
    第57回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月25日
  21. Burton-Smith Raymond. N, Tsunoda Jun, Yamamori Yu, Miyazaki Naoyuki, Imai Fabiana L., Song Chihong, Tomii Kentaro, Iwasaki Kenji, Takagi Junichi, Ueno Hiroshi, Murata Takeshi, Iino Ryota, Murata Kazuyoshi
    "The off-axis rotor of Enterococcus hirae V-type ATPase by Volta phase contrast cryo-EM"
    第57回日本生物物理学会年会 (ポスター発表)、シーガイアコンベンションセンター(宮崎)、2019年9月26日
  22. 丸山慎太郎、今村元紀、内橋貴之、中本和也、水谷健二、今井ファビアナリカ、鈴木花野、石塚（桂）芳子、木村（染谷）友美、白水美香子、山登一郎、安藤敏夫、村田武士
    "X線結晶構造解析と高速原子間力顕微鏡のタッグで明らかにする回転分子モータータンパク質V1の回転触媒機構"
    第2回MCRCシンポジウム (ポスター発表)、千葉大学、2019年10月17日
  23. 櫻井 遊、阿部 のどか、小笠原 諭、加藤 幸成、村田 武士、丹下 耕太、中井 悠太、吉岡 宏樹、玉川 晋也、田中 浩揮、秋田 英万
    "リガンド修飾ナノ粒子によるリンパ管内皮細胞ターゲッティング技術の確立"
    第41回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム、東邦大学、2019年10月19日
  24. Kazuki Kazama, Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "The influence of cosolvent on thermal stability of membrane proteins"
    CBI学会2019年大会 (ポスター発表)、タワーホール船堀、2019年10月22日-24日
  25. Ryosuke Nakano, Nanao Suzuki, Simon Hikiri, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Development of the screening system to create GPCR mutants stabilized in active states"
    CBI学会2019年大会 (ポスター発表)、タワーホール船堀、2019年10月22日-24日
  26. Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Analyses based on statistical thermodynamics for large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability"
    CBI学会2019年大会 (ポスター発表)、タワーホール船堀、2019年10月22日-24日
  27. 丸山慎太郎、今村元紀、内橋貴之、中本和也、水谷健二、今井ファビアナリカ、鈴木花野、石塚（桂）芳子、木村（染谷）友美、白水美香子、山登一郎、安藤敏夫、村田武士
    "The combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals the unidirectional rotation mechanism of a shaftless V1 motor"
    GP基幹シンポジウム (ポスター発表)、千葉大学、2019年12月6日
  28. 清水 康輝、森山 克彦、後藤 義幸、村田 武士
    "薬剤耐性腸球菌V-ATPaseを標的とした新規抗菌薬の開発"
    第45回生体エネルギー研究会 (ポスター発表)、九州工業大学 戸畑キャンパス、2019年12月20日-22日

Invited lectures

  1. 村田 武士
    "生体分子モーターの仕組みを追い求めて四半世紀"
    大隅基礎科学創成財団　第1回　市民講座 、千葉、2019年3月2日
  2. Takeshi Murata
    "New methodologies for human membrane protein crystallography"
    Gordon Research Conference on IGF and Insulin System in Physiology and Disease, Ventura (USA), 2019年3月14日
  3. Takeshi Murata
    "Development of new antibacterial drug targeting V-ATPase in Vancomycin-resistant Enterococcus"
    Gordon Research Conference on Bioenergetics, Andover (USA), 2019年6月6日
  4. 村田 武士
    "統計熱力学から理解する膜タンパク質の熱安定性の原理"
    第19回蛋白質科学会・第71回細胞生物学会、神戸、2019年6月25日
  5. 村田 武士
    "創薬のための膜タンパク質の耐熱化法の開発"
    第5回生体分子科学シンポジウム、京都、2019年7月2日
  6. 村田 武士
    "創薬のための膜タンパク質の耐熱化法の開発"
    東北大学抗体創薬研究セミナー、仙台、2019年7月4日
  7. 村田 武士
    "耐熱性ロドプシンの立体構造と耐熱化メカニズム"
    ISSPワークショップ、柏、2019年9月6日
  8. 村田 武士
    "回転分子モータータンパク質によるプロトン輸送メカニズム"
    第92回日本生化学会、横浜、2019年9月18日
  9. TAkeshi Murata
    "Rotational molecular mechanism of bacterial V1-ATPase"
    2nd Tokyo ATPase Workshop, 東京, 2019年9月30日
  10. 村田 武士
    "回転分子モーターの分子メカニズムの解明"
    筑波大プレ戦略研究会、筑波、2019年10月10日
  11. 村田 武士
    "多剤耐性腸球菌に存在するV-ATPaseを分子標的とした新規抗菌薬の開発"
    2019年 日本細菌学会関東支部インターラボセミナー、東京、2019年11月26日
  12. 村田 武士
    "パーマネントポジションをゲットするための 五箇条の御誓文"
    千葉大学テニュアトラックセミナー、千葉、2019年11月27日
  13. 村田 武士
    "素人でもなんとかなるクライオEM"
    日本分子生物学会フォーラム企画、博多、2019年12月03日
  14. 村田 武士
    "多剤耐性腸球菌V-ATPaseを標的とした新規抗菌薬の開発"
    第2回構造生命科学研究会、東京、2019年12月20日

プレスリリース

  1. "回転分子モータータンパク質の駆動メカニズムに迫る ～タンパク質は、不安定さを内包した複合体を形成する～"
    平成３１年２月１日

Press release

  1. "回転分子モータータンパク質の駆動メカニズムに迫る ～タンパク質は、不安定さを内包した複合体を形成する～"
    平成３１年２月１日

Press release

  1. "京大と千葉大、多くの医薬品の結合標的たんぱく質耐熱化法を発見"
    日刊工業新聞, 2019年1月15日

Patent

  1. 村田 武士、清水康輝、ヤクシジファビアナリカ、森山克彦
    "Ｖ－ＡＴＰａｓｅ活性阻害剤、抗菌剤、医薬及び抗菌方法並びにスクリーニング方法"
    特願2019-006819号（出願日；H31.1.18）

Award

  1. Shintaro Maruyama, Motonori Imamura, Takayuki Uchihashi, Kazuya Nakamoto, Mizutani Kenji, Lica Fabiana Imai, Kano Suzuki, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Tomomi Someya-Kimura, Mikako Shirouzu, Ichiro Yamato, Toshio Ando, Takeshi Murata
    "The combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals rotary catalysis of a shaftless V1 motor"
    日本生物物理学会第57回年会　2019年度若手招待講演賞, シーガイア コンベンションセンター(宮崎), 2019年9月24日.
  2. 丸山慎太郎、今村元紀、内橋貴之、中本和也、水谷健二、今井ファビアナリカ、鈴木花野、石塚（桂）芳子、木村（染谷）友美、白水美香子、山登一郎、安藤敏夫、村田武士
    "X線結晶構造解析と高速原子間力顕微鏡のタッグで明らかにする回転分子モータータンパク質V1の回転触媒機構"
    MCRC Symposium Poster賞, 千葉大学, 2019年10月17日.
  3. 丸山慎太郎、今村元紀、内橋貴之、中本和也、水谷健二、今井ファビアナリカ、鈴木花野、石塚（桂）芳子、木村（染谷）友美、白水美香子、山登一郎、安藤敏夫、村田武士
    "The combination of high-speed atomic force microscopy and X-ray crystallography reveals the unidirectional rotation mechanism of a shaftless V1 motor"
    GP基幹シンポジウム　ポスター発表　優秀賞, 千葉大学, 2019年12月6日.