▶ 2016 - Activity

Publications

  1. *Ichiro Yamato, Yoshimi Kakinuma and *Takeshi Murata
    "Operating principles of rotary molecular motors: differences between F1 and V1 motors"
    Biopys. Physico., 13, 37–44 (2016).
  2. *Suhaila Rahman, Ichiro Yamato, Shinya Saijo, Kenji Mizutani, Yuuki Takamuku, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Noboru Ohsawa, Takaho Terada, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama and *Takeshi Murata
    "Binding interactions of the peripheral stalk subunit isoforms from human V-ATPase"
    Biosci. Biotechnol. Biochem., 80, 878–890 (2016).
  3. Satoshi Yasuda, Yuta kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, *Takeshi Murata and *Masahiro Kinoshita
    "Identification of Thermostabilizing Mutations for Membrane Proteins: Rapid Method Based on Statistical Thermodynamics."
    J. Phys. Chem. B, 120, 3833–3843 (2016).
  4. Suhaila Rahman, Ichiro Yamato and *Takeshi Murata
    "Function and Regulation of Mammalian V-ATPase Isoforms, Regulation of Ca2+-ATPase, V-ATPases and F-ATPases"
    Advances in Biochemistry in Health and Disease. 14, Springer International Publishing, Chapter 15, 283–299 (2016).
  5. Yuta Kajiwara, Takahiro Ogino, Satoshi Yasuda, Yuuki Takamuku, *Takeshi Murata and *Masahiro Kinoshita
    "Physical origins of remarkable thermostabilization by an octuple mutation for the adenosine A2a receptor"
    Chem. Phys. Lett., 657, 119-123 (2016).
  6. Takashi Tsukamoto, Kenji Mizutani, Taisuke Hasegawa, Megumi Takahashi, Naoya Honda, Naoki Hashimoto, Kazumi Shimono, Keitaro Yamashita, Masaki Yamamoto, Seiji Miyauchi, Shin Takagi, Shigehiko Hayashi, *Takeshi Murata and *Yuki Sudo
    "X-ray Crystallographic Structure of Thermophilic Rhodopsin: Implications for High Thermal Stability and Optogenetic Function"
    J. Biol. Chem., 291, 12223-12232 (2016).
  7. Kano Suzuki, Kenji Mizutani, Shintaro Maruyama, Kazumi Shimono, Fabiana L. Imai, Eiro Muneyuki, Yoshimi Kakinuma, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Ichiro Yamato, and *Takeshi Murata
    "Crystal structures of the ATP-binding and ADP-release dwells of the V1 rotary motor"
    Nat. Commun., 7, 13235 (2016).

Presentations

  1. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Identification of Thermostabilizing Mutations for Membrane Proteins: Rapid Method Based on Statistical Thermodynamics"
    The 1st Symposium of Chiral Molecular Science & Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba- (ポスター発表)、千葉大学、2016年2月29日
  2. Nanao Suzuki, Akane Saito, Kenta Hitomi, Kenji Mizutani, Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Expression, purification and crystallization of 5-HT2A receptor"
    The 1st Symposium of Chiral Molecular Science & Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba- (ポスター発表)、千葉大学、2016年2月29日
  3. Ryohei Takeichi, Kenji Mizutani, Takeshi Murata
    "Expression, Purification, and Crystallization of Diacylglycerol Acyltransferase 1 (DGAT1)"
    The 1st Symposium of Chiral Molecular Science & Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba- (ポスター発表)、千葉大学、2016年2月29日
  4. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Identification of Thermostabilizing Mutations for Membrane Proteins: Rapid Method Based on Statistical Thermodynamics"
    Joint Workshop on Chirality in Chiba University (WCCU) and on Soft-Molecule Activation (ポスター発表)、千葉大学、 2016年3月17日
  5. 井阪 悠太、浴本 亨、小甲 裕一、村田 武士、池口 満徳
    "Rotation mechanism of V1-ATPase studied by multi-scale analysis"
    第16回日本蛋白質科学会年会 (ポスター発表)、福岡国際会議場、 2016年6月7日
  6. 高椋勇樹、鈴木七緒、日野智也、浅川朋宏、管敏幸、岩田想、村田武士
    "改変型CBBを用いたGPCRの熱安定性評価"
    第16回日本蛋白質科学会年会 (ポスター発表)、福岡国際会議場、 2016年6月8日
  7. Nanao Suzuki, Akane Saito, Kenta Hitomi, Yojiro Iizuka, Waki Ougiya, Shingo Sato, Kenji Mizutani, Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Expression, purification and crystallization of 5-HT2A receptor"
    第16回日本蛋白質科学会年会 (ポスター発表)、福岡国際会議場、 2016年6月9日
  8. Fabiana L. Yakushiji、Kenji Mizutani、Yoshiko Ishizuka-Katsura、Mikako Shirouzu、higeyuki Yokoyama、Ichiro Yamato、Takeshi Murata
    "Crystal structure of the B-subunit of the V-ATPase from Enterococcus hirae"
    第16回日本蛋白質科学会年会 (ポスター発表)、福岡国際会議場、 2016年6月9日
  9. 安田賢司、梶原佑太、高椋勇樹、鈴木七緒、村田武士、木下正弘
    "膜タンパク質を熱安定化させるアミノ酸置換の理論的予測法の開発"
    第11回トランスポーター研究会 (ポスター発表)、京都大学 宇治キャンパス、2016年 7月2日
  10. 斉藤あかね、人見健太、安田賢司、梶原佑太、鈴木七緒、高椋勇樹、木下正弘、村田武士
    "理論計算を用いたセロトニン受容体の耐熱化と結晶化の試み"
    第89回日本生化学会大会 (ポスター発表)、東北大学 川内北キャンパス、2016年9月25日
  11. 安田賢司、梶原佑太、高椋勇樹、鈴木七緒、村田武士、木下正弘
    "エントロピー基盤法による膜タンパク質熱安定化アミノ酸置換の理論的予測"
    第1回黒潮カンファレンス、サンライズ九十九里、2016年10月22日
  12. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Statistical Thermodynamics for Remarkably High Thermal Stability of Thermophilic Rhodopsin"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月25日
  13. Senka Gi, Fabiana Lica Yakushiji, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takayoshi Arai, Katsuhiko Moriyama, Hideo Togo, Takeshi Murata
    "Identification of accelerators on Na+-depending ATPase activity of Enterococcus hirae V-ATPase"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月25日
  14. Shintaro Maruyama, Kazuya Nakamoto, Kano Suzuki, Fabiana Lica Yakushiji, Kenji Mizutani, Motonori Imamura, Takayuki Uchihashi, Takeshi Murata
    "Crystal structures of rotorless Enterococus hirae V1-ATPase which shows unidirectional dynamics by HS-AFM"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月26日
  15. Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Single-molecule simultaneous observation of rotation and nucleotide binding/release of Enterococcus hirae V1-ATPase"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月26日
  16. Takashi Tsukamoto, Kenji Mizutani, Taisuke Hasegawa, Megumi Takahashi, Naoya Honda, Naoki Hashimoto, Kazumi Shimono, Seiji Miyauchi, Shin Takagi, Shigehiko Hayashi, Takeshi Murata, Yuki Sudo
    "Structural basis for high thermal stability and efficient optogenetic function of thermophilic rhodopsin"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月26日
  17. Jun Tsunoda, Chihong Song, Fabiana Lica Yakushiji, Takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Junichi Takagi, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    "Single Particle Analysis of EhV-ATPase by Phase-contrast cryo-Electron Microscopy"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月26日
  18. Kano Suzuki, Kenji Mizutani, Shintaro Maruyama, Kazumi Shimono, Fabiana L. Imai, Eiro Muneyuki, Uoshimi Kakinuma, Yoshida Ishizuka,Mikano Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Ichiro Yamato, Takeshi Murata "Crystal structures of the ADP-bound V1-ATPase from Enterococcus hirae"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日
  19. Sayaka Nemoto, Satoshi Yasuda, Takashi Tsukamoto, Yuki Sudo, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Identification of thermostabilizing mutations for the Thermophilic Rhodopsin based on statistical thermodynamics"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日
  20. Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Yuuki Takamuku, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Identification of Thermostabilizing Mutations for a Membrane Protein Whose Three-Dimensional Structure is Unknown"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日
  21. Yuta Isaka, Toru Ekimoto, Yuichi Kokabu, Takeshi Murata
    "Rotation mechanism of V1-ATPase elucidated by multi-scale MD analysis"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日
  22. Motonori Imamura, Kazuya Nakamoto, Shintaro Maruyama, Fumihiro Kawai, Ryota Iino, Takayuki Uchihashi, Takeshi Murata, Toshio Ando
    "The Extent of Unidirectional Cooperativity in Rotorless Enterococcus hirae V1-ATPase Revealed by High-speed AFM"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日
  23. Tatsuya Iida, Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Arginine finger mutant of Enterococcus hirae V1-ATPase shows unusual rotational behaviors"
    第54回生物物理学会年会、つくば国際会議場、2016年11月27日

Invited lectures

  1. 村田 武士
    "タンパク質の形 薬の作り方"
    柏シルバー大学院講義、柏、2016年1月5日
  2. 村田 武士
    "結晶構造からわかる回転機動分子の機能発現機構"
    日本化学会第96春季年会特別企画講演、京都、2016年3月27日
  3. 村田 武士
    "膜蛋白質の耐熱化と発現・精製"
    日本蛋白質科学会ワークショップ、博多、2016年6月7日
  4. 村田 武士
    "創薬標的膜タンパク質のX線結晶構造解析に向けた技術開発"
    第１回黒潮カンファレンス、九十九里、2016年10月22日

Press releases

  1. "膜タンパク質の理論的耐熱化法を開発　―熱安定化をもたらすアミノ酸置換を短時間で予測―"
    2016年4月22日.
  2. " 温泉微生物の光受容体タンパク質の構造を決定 ー安定化原理の解明と光遺伝学への応用ー"
    2016年5月12日.
  3. " たんぱく質ナノモーターの回転メカニズムの解明に道筋 ーがん転移や骨粗しょう症の原因解明に期待ー"
    2016年10月25日.

Press releases

  1. "膜タンパク質の理論的耐熱化法　―アミノ酸置換を短時間で予測―"
    科学新聞, 2016年5月27日.
  2. "温泉微生物の光受容体タンパク質の構造を決定"
    科学新聞, 2016年6月3日.