▶ 2015 - Activity

Publications

  1. *Hideki Kandori, Yuji Furutani and Takeshi Murata
    "Infrared spectroscopic studies on the V-ATPase"
    Biochim. Biophys. Acta, 1847, 134–141 (2015).
  2. Hiroaki Tanabe, Kanna Motoyama, Mariko Ikeda, Motoaki Wakiyama, Takaho Terada, Noboru Ohsawa, Toshiaki Hosaka, Masakatsu Hato, Yoshifumi Fujii, Yoshihiro Nakamura, Satoshi Ogasawara, Tomoya Hino, Takeshi Murata, So Iwata, Miki Okada-Iwabu, Masato Iwabu, Kunio Hirata, Yoshiaki Kawano, Masaki Yamamoto, Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Toshimasa Yamauchi, Takashi Kadowaki and *Shigeyuki Yokoyama
    "Expression, purification, crystallization, and preliminary X-ray crystallographic studies of the human adiponectin receptors, AdipoR1 and AdipoR2"
    J. Struc. Funct. Genomics, 16, 11-23 (2015).
  3. *Ryota Iino, Hiroshi Ueno, Yoshihiro Minagawa, Kano Suzuki and *Takeshi Murata
    "Rotational mechanism of Enterococcus hirae V1-ATPase by crystal-structure and single-molecule analyses"
    Curr. Opin. Struc. Biol., 31, 49-56 (2015).
  4. Hiroaki Tanabe, Yoshifumi Fujii, Miki Okada-Iwabu, Masato Iwabu, Yoshihiro Nakamura, Toshiaki Hosaka, Kanna Motoyama, Mariko Ikeda, Motoaki Wakiyama, Takaho Terada, Noboru Ohsawa, Masakatsu Hato, Satoshi Ogasawara, Tomoya Hino, Takeshi Murata, So Iwata, Kunio Hirata, Yoshiaki Kawano, Masaki Yamamoto, Tomomi Kimura-Someya, Mikako Shirouzu, Toshimasa Yamauchi, Takashi Kadowaki, and *Shigeyuki Yokoyama
    "Crystal structures of the human adiponectin receptors"
    Nature, 520, 312-316 (2015).
  5. *Norimichi Nomura, Gregory Verdon, Hae Joo Kang, Tatsuro Shimamura, Yayoi Nomura, Yo Sonoda, Saba Abdul Hussien, Aziz Abdul Qureshi, Mathieu Coincon, Yumi Sato, Hitomi Abe, Yoshiko Nakada-Nakura, Tomoya Hino, Takatoshi Arakawa, Osamu Kusano-Arai, Hiroko Iwanari, Takeshi Murata, Takuya Kobayashi, Takao Hamakubo, Michihiro Kasahara, *So Iwata and *David Drew
    "Structure and transport mechanism of the mammalian fructose transporter GLUT5"
    Nature, 526, 397-401 (2015).
  6. 村田 武士
    "GPCRの構造解析技術の現状と課題"
    医学の歩み、医歯薬出版、254, 546-550 (2015).
  7. Takatoshi Arakawa, Takami Kobayashi-Yugiri, Yilmaz Alguel, Hiroko Iwanari, Hinako Hatae, Momi Iwata, Tomoya Hino, Chiyo, Ikeda-Suno, Hiroyuki Kuma, Yoshito Abe, Dongchon Kang, Takeshi Murata, Takao Hamakubo, *Alexander Cameron, *Takuya Kobayashi, *Naotaka Hamasaki and *So Iwata
    "Crystal structure of the anion exchanger domain of human erythrocyte Band 3"
    Science, 350, 680-684 (2015).

Presentations

  1. Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Yuki Takamuku, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Theoretical Prediction of Mutations Improving Thermal Stability of Adenosine A2a Receptor"
    59th Annual Meeting of the Biophysical Society(ポスター発表), Baltimore (USA), 2015年2月9日
  2. 村田 和義、村田 武士、上野 博史、飯野 亮太
    "腸内連鎖球菌V-ATPaseのクライオ位相差電子顕微鏡単粒子構造解析"
    分子研研究会 膜タンパク質内部のプロトン透過を考える(ポスター発表)、岡崎、2015年4月20日
  3. 皆川 慶嘉、上野 博史、野地 博行、村田 武士、飯野 亮太
    "V1ATPaseの化学力学共役スキーム解明に向けたハイブリッドEnterococcus hirae V1-ATPaseの回転観察"
    分子研研究会 膜タンパク質内部のプロトン透過を考える(ポスター発表)、岡崎、2015年4月20日
  4. 上野 博史、皆川 慶嘉、宗行 英朗 、野地 博行、村田 武士、飯野 亮太
    "腸内連鎖球菌由来のV1ATPaseの1分子回転計測"
    分子研研究会 膜タンパク質内部のプロトン透過を考える(ポスター発表)、岡崎、2015年4月20日
  5. Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, and Ryota Iino
    "Single-molecule analysis of hybrid Enterococcus hirae V1-ATPase toward elucidation of the chemo-mechanical coupling scheme"
    第９回 ABA(Asian Biophysics Association)Symposium, 杭州(中国), 2015年5月9日~12日
  6. 田辺 弘明 、元山 かん奈、池田 眞理子、脇山 素明、寺田 貴帆、大沢 登、保坂 俊彰、羽藤 正勝、藤井 佳史、中村 祥浩、小笠原 諭、日野 智也、村田 武士、岩田 想、岩部 - 岡田 美紀、岩部 真人、平田 邦生、河野 能顕、山本 雅貴、染谷 友美、白水 美香子、 山内 敏正、門脇 孝、横山 茂之
    "アディポネクチン受容体の X 線結晶構造解析"
    第15回 日本蛋白質科学会年会、徳島、2015年6月24日
  7. 井阪 悠太、小甲 裕一、浴本 亨、村田 武士、池口 満徳
    "マルチスケール分子動力学シミュレーションによる V1-ATPase の回転機構の解明"
    第15回 日本蛋白質科学会年会、徳島、2015年6月26日
  8. Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Prediction of Thermostabilizing Mutations for G Protein-Coupled Receptors: Construction of an Efficient Method"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月13日
  9. Kazuyoshi Murata, takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Ryota Iino
    "Single particle phase-contrast cryo-EM 3D reconstruction of Enterococcus hirae V-ATPase"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月13日
  10. Yuta Isaka, Yuuichi Kokabu, Toru Ekimoto, Takeshi Murata, Mitsunori Ikeguchi
    "Rotation mechanism of V1-ATPase studied by multi-scale MD simulation"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月13日
  11. Takashi Tsukamoto, Kenji Mizutani, Megumi Takahashi, Taisuke Hasegawa, Naoki Hashimoto, Shigehiko Hayashi, Shin Takagi, Takeshi Murata, Yuki Sudo
    "X-ray Crystal Structure of TR: Implications for High Thermal Stability and High-Performance Optogenetic Availability"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月14日
  12. Taisuke Hasegawa, Yuki Sudo, Takeshi Murata, Shigehiko Hayashi
    "Assessing Molecular Mechanism of High Thermal Stability of Thermophilic Rhodopsin by Molecular Dynamics Simulation"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月15日
  13. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita
    "Prediction of Thermostabilizing Mutations for G Protein-Coupled Receptors: Development of Free-energy Function"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月15日
  14. Motonori Imamura, Kazuya Nakamoto, Takayuki Uchihashi, Takeshi Murata, Toshio Ando
    "Observation of Conformational changes of rotorless V1-ATPase using High-Speed Atomic Force Microscopy"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月15日
  15. Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Single-molecule analysis of hybrid Enterococcus hirae V1-ATPase toward elucidation of the chemo-mechanical coupling scheme"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月15日
  16. Hiroshi Ueno, Yoshihiro Minagawa, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, Ryota Iino
    "Na+-dependent rotation of Enterococcus hirae V-ATPase"
    第53回 日本生物物理学会年会(ポスター発表)、金沢、2015年9月15日
  17. Nanao Suzuki, Akane Saito, Kenta Hitomi, Yuuki Takamuku, Kenji Mizutani, Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Expression, purification and crystallization of 5-HT2A receptor"
    GPCR workshop 2015 (ポスター発表)、Big island, Hawaii (USA), 2015年12月1-5日
  18. Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, and Masahiro Kinoshita
    "Development of Thermostabilization Method by Mutation for GPCR : I. Theoretical prediction on the Basis of Statistical Thermodynamics"
    GPCR workshop 2015 (ポスター発表)、Big island, Hawaii (USA), 2015年12月1-5日
  19. Yuuki Takamuku, Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Nanao Suzuki, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata
    "Development of Thermostabilization Method by Mutations for GPCR : II. Experimental Verification of the Theoretical Prediction"
    GPCR workshop 2015 (ポスター発表)、Big island, Hawaii (USA), 2015年12月1-5日
  20. Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, Yusuke Sekiguchi, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Satoshi Yasuda, Hidetsugu Asada, Takanori Nakane, Yuki Shiimura, Tomoya Nakagita, Tomoaki Inazumi, Kyoshiro Tsuge, Yuta Kajiwara, Tomoko Shimizu, Yuji Urushibata, Suguru Yoshida, Tomoko Kuribara, Takamitsu Hosoya, Masahiro Kinoshita, Yukihiko Sugimoto, Norimichi Nomura, Takeshi Murata, Kiyoshi Takayama, Masaki Yamamoto, Shuh Narumiya, So Iwata, Takuya Kobayashi
    "Towards structure determination of the human prostanoid receptor bound to the antibody"
    GPCR workshop 2015 (ポスター発表)、Big island, Hawaii (USA), 2015年12月1-5日
  21. 田辺 弘明, 藤井 佳史, 岩部(岡田) 美紀, 岩部 真人, 中村 祥浩, 保坂 俊彰, 元山 かん奈, 池田 眞理子, 脇山 素明, 寺田 貴帆, 大沢 登, 羽藤 正勝, 小笠原 諭, 日野 智也, 村田 武士, 岩田 想, 平田 邦生, 河野 能顕, 山本 雅貴, 染谷 友 美, 白水 美香子, 山内 敏正, 門脇 孝, 横山 茂之
    "アディポネクチン受容体のX線結晶構造解析"
    第88回 日本生化学会大会、神戸、2015年12月1-４日
  22. Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Yuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi MUurata, Masahiro Kinoshita
    "Theoretical prediction of mutations leading to enhanced structural stability of GPCRs"
    Pacifichem2015(ポスター発表)、Honolulu, Hawaii (USA) 2015年12月15-20日

Invited leacures

  1. 村田 武士
    "V-ATPaseの回転メカニズム"
    金沢大理工研究域公開セミナー、金沢、2015年3月6日
  2. 村田 武士
    "V-ATPaseのイオン輸送メカニズム"
    分子研研究会、岡崎、2015年4月20日
  3. 村田 武士
    "研究者ってどんなかんじ？"
    岡山大学第二回ジンパセミナー、岡山、2015年4月30日
  4. 村田 武士
    "創薬標的膜タンパク質の構造解析法について"
    第56回日本生化学会中国四国支部例会、松江、2015年4月30日
  5. Takeshi Murata
    "Rotational mechanism of Enterococcus hirae V1-ATPase"
    Gordon Research Conference in Molecular and Cellular Bioenergetics, New Hampshire, 2015年6月22日
  6. Takeshi Murata
    "Ion transporting mechanism of V-ATPase"
    第53回 日本生物物理学会年会、金沢、2015年9月13日
  7. 村田 武士
    "創薬標的膜タンパク質のX線結晶構造解析の現状と課題"
    京都大学セミナー、京都、2015年10月21日
  8. Takeshi Murata
    "Molecular mechanism of V1 rotary motor"
    JST CREST-PRESTO joint international symposium, Structural Biological Dynamics: From Molecules to Life with 60 trillion Cells、東京、2015年11月5日

International patent

  1. 村田 武士、木下 正弘、安田 賢司、高椋 勇樹、水谷 健二、鈴木 七緒、梶原 佑太
    "膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置、熱安定化変異体予測方法、および、プログラム"
    H27.06.24、出願番号：PCT/JP2015/068277